En el 2014, Hernández publicó Hermanos en Armas. La hora de las policías comunitarias y las autodefensas, una obra de periodismo de investigación para entender el surgimiento de grupos de autodefensa comunitaria y de civiles armados en una tercera parte del territorio mexicano, uno de los fenómenos más característicos del sexenio de Enrique Peña Nieto (2012–18). La traducción al inglés se basa íntegramente en el libro original. El tema de la autodefensa armada ha despertado un gran interés periodístico y académico desde hace dos décadas, no obstante, la obra de Hernández es novedosa en tanto ofrece un panorama del fenómeno a nivel nacional, a la par que hace una descripción detallada de casos específicos de los que el autor fue testigo no sólo como periodista sino también como asesor político.

Uno de los argumentos principales de la obra es que el levantamiento del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) en 1994 inauguró una nueva era en las luchas de los pueblos indígenas por la reivindicación de su territorio y derechos culturales, la cual inspiró la creación de sistemas de justicia autónomos. Los zapatistas supeditaron las negociaciones con el Estado al reconocimiento de la autonomía de los pueblos indígenas. El rechazo oficial a esta demanda abrió la puerta para que los zapatistas ejercieran la autonomía de facto, a través de municipios autónomos en el territorio ocupado a principios del conflicto armado. Hernández demuestra que el zapatismo influyó en grupos indígenas de estados como Guerrero y Michoacán para que autogestionaran su seguridad comunitaria.

En el caso emblemático de Guerrero, la policía comunitaria de la región de La Montaña aparecida en 1998, también estaba conectada con la tradición de lucha armada socialista de los 1970, representada por los maestros y líderes guerrilleros Genaro Vázquez y Lucio Cabañas. Mientras que estas guerrillas socialistas fueron exterminadas a través de la guerra sucia llevada a cabo por los gobiernos del Partido Revolucionario Institucional (PRI), la policía comunitaria de Guerrero ha sobrevivido a múltiples presiones: divisiones internas, la violencia del aparato de seguridad nacional, y agresiones por parte de otros grupos armados, como las guardias blancas y los grupos paramilitares del crimen organizado.

Hernández explica las diferencias entre los grupos armados en resistencia: por un lado, las policías comunitarias, resultado de un esfuerzo intercomunitario para brindar seguridad de forma permanente. Por otro lado, las autodefensas de carácter coyuntural, surgidas en el contexto de la llamada “guerra contra las drogas,” que evidenció la alianza entre los agentes del aparato de seguridad nacional con el crimen organizado. Las autodefensas también se dividen entre las guardias comunitarias indígenas y los grupos de civiles armados, las primeras articuladas en torno a un eje étnico-territorial y los segundos orientados a la protección de la propiedad privada y la seguridad personal.

En la introducción y a lo largo de doce capítulos que se pueden leer como ensayos independientes, el autor arroja luz sobre las causas de la aparición de colectividades armadas. Por ejemplo, la manera en que iniciativas neoliberales como el Tratado de Libre Comercio de América del Norte (1994) y la reforma al artículo 27 constitucional (1992) que privatizó la propiedad ejidal y puso fin al reparto agrario, propiciaron fenómenos tan dispares como la rebelión zapatista, la migración masiva a las ciudades y a los Estados Unidos, y la conversión de un sector de la población rural en cultivadores ilegales de marihuana y amapola, o incluso en miembros de grupos paramilitares.

Hernández también reflexiona sobre las transformaciones del Estado a partir de la alternancia partidista del 2000, como la pérdida del control corporativo del PRI sobre los llamados cárteles de la droga y la consiguiente privatización de la violencia. Aunado a lo anterior, la presencia de empresas transnacionales de corte extractivista, como las mineras, ha sido un catalizador de la autodefensa armada contra el despojo territorial, por la defensa de la vida y la seguridad. El mérito principal de la obra es mostrar que la intersección entre la economía ilegal y la política económica neoliberal llevó al límite las contradicciones sociales, convirtiendo a México en uno de los países más violentos del mundo (con cientos de miles de asesinados, desaparecidos, y desplazados), pero también en un territorio donde han florecido toda clase de resistencias políticas e iniciativas de autodefensa.